Para el ejercicio 2016, el pleno del Consejo Regional del GRJ ratificó la conformación de 11 comisiones permanentes, que ejercieron funciones el 2015.
En primer orden está la Comisión de Planeamiento, Presupuesto, Acondicionamiento Territorial y Desarrollo Institucional que seguirá siendo presidida por Víctor Quijada Huamán; Comisión de Desarrollo Económico, Promoción de Inversiones, Trabajo y Promoción del Empleo por el consejero Raúl Salazar.
Del mismo modo la Comisión de Desarrollo Agrario por Elmer Orihuela Sosa; Comisión de Educación, Cultura y Desarrollo Social por Ciro Samaniego Rojas; Comisión de Infraestructura por Richard Durand Castro.
Igualmente la Comisión de Recursos Naturales y Gestión del Medio Ambiente por Coqui Ríos de Nestáres; Comisión Permanente de Turismo y Artesanía por Remigio Rivera Guichard; Comisión de Comunidades Campesinas y Nativas por Santiago Condoricon Antúnez.
De la misma manera la Comisión de Derechos Humanos, De la Mujer y de la Familia por Clotilde Castillón Lozano; Comisión de Salud por Pedro Martínez Alfaro; y la Comisión Permanente de la Juventud, Deporte y Recreación por la consejera Sonia Torre Enero.